dataset di documentazione con roxygen2

Question

Sto provando a documentare alcuni set di dati in un pacchetto R usando roxygen2. Considerando solo uno di questi:

• ho mypkg/data/CpG.human.GRCh37.RDa
• che contiene un oggetto chiamato CpG.human.GRCh37

• e un file chiamato: mypkg/R/cpg-data.R, che contiene:

  #' @name CpG.human.GRCh37 
  #' @title CpG islands - human - genome build: GRCh37/hg19 
  #' @description This data set list the genomic locations of human CpG islands, 
  #' with coordinates based on the GRCh37/hg19 genome build. 
  #' @docType data 
  #' @usage CpG.human.GRCh37 
  #' @format a \code{RangedData} instance, 1 row per CpG island. 
  #' @source UCSC Table Browser 
  #' @author Mark Cowley, 2012-03-05 
  #' @export 
  NULL 
  

Quando ho roxygenize, questo viene creato mypkg/man/CpG.human.GRCh37.Rd, contenente:

\docType{data} 
    \name{CpG.human.GRCh37} 
    \alias{CpG.human.GRCh37} 
    \title{CpG islands - human - genome build: GRCh37/hg19} 
    \format{a \code{RangedData} instance, 1 row per CpG island.} 
    \source{ 
     UCSC Table Browser 
    } 
    \description{ 
     This data set list the genomic locations of human CpG 
     islands, with coordinates based on the GRCh37/hg19 
     genome build. 
    } 
    \author{ 
     Mark Cowley, 2012-03-05 
    } 
    \usage{CpG.human.GRCh37} 
    \keyword{datasets} 

e export(CpG.human.GRCh37) viene aggiunto il file NAMESPACE.

ma quando ho R CMD CHECK ottengo:

... 
** testing if installed package can be loaded 
Error in namespaceExport(ns, exports) : 
    undefined exports: CpG.human.GRCh37 
Error: loading failed 
... 

hanno nessun posto ho detto R dove trovare questo set di dati, anche se presumo che il mypkg/data/<name>.RDa sarebbe una buona prima ipotesi. Qualsiasi suggerimento sarebbe fantastico.

Se Hadley sta guardando, noto che una sezione \ usage non viene creata e la direttiva @usage viene ignorata.

sto usando roxygen-2.2.2, sulla R 2.13.1

Answer 1

Questa richiesto 2 correzioni:

1. Come spiegato nel Writing R extensions 1.1.5, Data in packages, salvare gli oggetti come .rda invece di .RDa
2. rimuovere @export dal Roxygen