Per quanto riguarda le prestazioni, non c'è molta differenza tra PHP, ASP, JSP o altro. Come accennato in precedenza, l'hosting della tua app Web Java potrebbe essere un problema. La maggior parte dei provider di hosting non ha un motore servlet come Tomcat o Jetty come parte dell'offerta di servizi standard.
Avendo esperienza con PHP e Java (JSP), ho notato che alzarsi e correre con JSP richiede molto più impegno rispetto a PHP. L'esecuzione di un'app Web Java è qualcosa che devi davvero volere, altrimenti probabilmente ti arrenderei presto nel processo. PHP è facile, basta mettere uno script PHP nella cartella web-root e il gioco è fatto. Ma poi di nuovo, PHP ha anche il lato oscuro (sintassi).
Java può essere molto più potente. Soprattutto quando si entra nel regno delle soluzioni Enterprise (sistemi software aziendali grandi, distribuiti e modulari). È per questo che Java viene utilizzato principalmente in quell'area anziché in PHP (tutti però Yahoo è un buon esempio di una grande azienda che fa molto con PHP).
Se si decide di utilizzare Java o PHP, una cosa da fare è utilizzare un framework di qualche tipo. Non c'è bisogno di reinventare la ruota qui. Per PHP ci sono per es. CodeIgniter, KohanaPHP e CakePHP e nel regno Java si potrebbe voler guardare Struts 2, Stripes e Spring.