Colorare la matrice trama di ggplot per k-significa cluster?

Question

Sto cercando di creare un grafico di coppie di 6 variabili di dati utilizzando ggplot2 e colorare i punti in base al cluster k-means a cui appartengono. Ho letto la documentazione del pacchetto GGally molto impressionante e una correzione informale di Adam Laiacano [http://adamlaiacano.tumblr.com/post/13501402316/colored-plotmatrix-in-ggplot2]. Sfortunatamente, non sono riuscito a trovare alcun modo per ottenere l'output desiderato in entrambi.

Ecco un codice di esempio: -

#The Swiss fertility dataset has been used here 

data_ <- read.csv("/home/tejaskale/Ubuntu\ One/IUCAA/Datasets/swiss.csv", header=TRUE) 
data_ <- na.omit(data_) 

u <- c(2, 3, 4, 5, 6, 7) 
x <- data_[,u] 
k <- 3 
maxIterations <- 100 
noOfStarts <- 100 
filename <- 'swiss.csv' 

library(ggplot2) 
library(gridExtra) 
library(GGally) 

kmeansOutput <- kmeans(x, k, maxIterations, noOfStarts) 

xNew <- cbind(x[,1:6], as.factor(kmeansOutput$cluster)) 
names(xNew)[7] <- 'cluster' 
kmeansPlot <- ggpairs(xNew[,1:6], color=xNew$cluster) 

OR 

kmeansPlot <- plotmatrix(xNew[,1:6], mapping=aes(colour=xNew$cluster)) 

Entrambe le trame sono creati, ma non sono colorati in base ai cluster.

Spero di non aver perso una risposta a questa domanda sul forum e mi scuso se è davvero così. Qualsiasi aiuto sarebbe molto apprezzato.

Grazie!

Answer 1

Il seguente leggera modifica plotmatrix2 funziona bene per me:

plotmatrix2 <- function (data, mapping = aes()) 
{ 
    grid <- expand.grid(x = 1:ncol(data), y = 1:ncol(data)) 
    grid <- subset(grid, x != y) 
    all <- do.call("rbind", lapply(1:nrow(grid), function(i) { 
     xcol <- grid[i, "x"] 
     ycol <- grid[i, "y"] 
     data.frame(xvar = names(data)[ycol], yvar = names(data)[xcol], 
      x = data[, xcol], y = data[, ycol], data) 
    })) 
    all$xvar <- factor(all$xvar, levels = names(data)) 
    all$yvar <- factor(all$yvar, levels = names(data)) 
    densities <- do.call("rbind", lapply(1:ncol(data), function(i) { 
     data.frame(xvar = names(data)[i], yvar = names(data)[i], 
      x = data[, i]) 
    })) 
    densities$xvar <- factor(densities$xvar, levels = names(data)) 
    densities$yvar <- factor(densities$yvar, levels = names(data)) 
    mapping <- defaults(mapping, aes_string(x = "x", y = "y")) 
    class(mapping) <- "uneval" 
    ggplot(all) + facet_grid(xvar ~ yvar, scales = "free") + 
     geom_point(mapping, na.rm = TRUE) + stat_density(aes(x = x, 
     y = ..scaled.. * diff(range(x)) + min(x)), data = densities, 
     position = "identity", colour = "grey20", geom = "line") 
} 


plotmatrix2(mtcars[,1:3],aes(colour = factor(cyl))) 

può essere un problema ggplot2 versione, ma ho dovuto forzare le variabili sfaccettatura nella cornice di dati densities essere fattori (mi sembra rotto anche nella versione GGally). Inoltre, generalmente non passare i vettori a aes(), ma semplicemente nomi di colonne.