funziona (boot.stepAIC) ma genera un errore all'interno di un'altra funzione: problema di ambiente?

Question

Oggi ho realizzato uno strano comportamento con il mio codice R. Ho provato un pacchetto {boot.StepAIC} che include una funzione bootstrap per i risultati della regressione stepwise con AIC. Comunque non credo che lo sfondo statistico sia qui il problema (lo spero).
Posso usare la funzione al livello superiore di R. Questo è il mio codice di esempio.

require(MASS) 
require(boot.StepAIC) 

n<-100 
x<-rnorm(n); y<-rnorm(n,sd=2); z<-rnorm(n,sd=3); res<-x+y+z+rnorm(n,sd=0.1) 
dat.test<-as.data.frame(cbind(x,y,z,res)) 
form.1<-as.formula(res~x+y+z) 
boot.stepAIC(lm(form.1, dat.test),dat.test) # should be OK - works at me 

Tuttavia, ho voluto avvolgerlo in una propria funzione. Trasmetto i dati e la formula a quella funzione. Ma ottengo un errore all'interno boot.stepAIC() dicendo:

l'adattamento del modello non è riuscita in 100 campioni di bootstrap Errore in strsplit (nam.vars, ":"): argomento non-personaggio

# custom function 
fun.boot.lm.stepAIC<-function(dat,form) { 
    if(!inherits(form, "formula")) stop("No formula given") 
    fit.lm<-lm(formula=form,data=dat) 
    return(boot.stepAIC(object=fit.lm,data=dat)) 
} 
fun.boot.lm.stepAIC(dat=dat.test,form=form.1) 
# results in an error 

Quindi dov'è l'errore? Suppongo che debba avere qualcosa a che fare con l'ambiente locale e globale, vero?

Answer 1

L'utilizzo di do.call come in anova test fails on lme fits created with pasted formula fornisce la risposta.

non ha accesso a form quando eseguito all'interno di una funzione; che può essere ricreato nell'ambiente globale come questo; vediamo che lm utilizza form.1 come formula e che la sua rimozione non produce l'errore .

> form.1<-as.formula(res~x+y+z) 
> mm <- lm(form.1, dat.test) 
> mm$call 
lm(formula = form.1, data = dat.test) 
> rm(form.1) 
> boot.stepAIC(mm,dat.test) 
# same error as OP 

Utilizzare do.call funziona. Qui uso anche as.name; altrimenti l'oggetto mm porta in giro l'intero set di dati anziché solo il nome di esso.

> form.1<-as.formula(res~x+y+z) 
> mm <- do.call("lm", list(form.1, data=as.name("dat.test"))) 
> mm$call 
lm(formula = res ~ x + y + z, data = dat.test) 
> rm(form.1) 
> boot.stepAIC(mm,dat.test) 

Per applicare questo al problema originale, farei questo:

fun.boot.lm.stepAIC<-function(dat,form) { 
    if(!inherits(form, "formula")) stop("No formula given") 
    mm <- do.call("lm", list(form, data=as.name(dat))) 
    do.call("boot.stepAIC", list(mm,data=as.name(dat))) 
}  
form.1<-as.formula(res~x+y+z) 
fun.boot.lm.stepAIC(dat="dat.test",form=form1) 

questo funziona anche, ma l'intero set di dati verrà incluso nell'oggetto di output finale, e il risultato finale alla console , anche.

fun.boot.lm.stepAIC<-function(dat,form) { 
    if(!inherits(form, "formula")) stop("No formula given") 
    mm <- do.call("lm", list(form, data=dat)) 
    boot.stepAIC(mm,data=dat) 
}  
form.1<-as.formula(res~x+y+z) 
fun.boot.lm.stepAIC(dat=dat.test,form=form.1)