Questo è così chiamato Self-Executing bundle. Controlla this comment. Dice:
Questo pacchetto esegue il suo modulo principale - angular2_sfx, quando caricato, senza una corrispondente chiamata System.import. È rivolto agli sviluppatori di ES5 che non utilizzano Polyfill del caricatore di sistema (come system.js ed es6 loader).
Quindi non è necessario aggiungere System.js al progetto. Basta aggiungere righe successive alla tua pagina html:
<script src="https://code.angularjs.org/2.0.0-alpha.20/angular2.sfx.dev.js"></script>
<script src="app.js"></script>
<script>
document.addEventListener('DOMContentLoaded', function() {
angular.bootstrap(App);
});
</script>
Ecco plunker per mostrare come funziona.