Il pacchetto CRAN dipende dal pacchetto del bioconduttore Errore di installazione

Gestisco i Depends, suggerisce e importa il file di descrizione. e infine invio il mio pacco a CRAN. Ma durante l'installazione del pacchetto, installa solo i pacchetti che sono depositati sotto CRAN non per i pacchetti bioconductor. inoltre, ha un errore di dipendenze del pacchetto per Mac OS: check log for Mac OS Il pacchetto CRAN dipende dal pacchetto del bioconduttore Errore di installazione

quale potrebbe essere il problema? e come ho potuto ripararlo?

Cordiali saluti,

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2013-01-15 Mikael

Questo sembrerebbe essere più appropriatamente richiesto su Rd (la mailing list di r-devel). –

Sono rispettosamente in disaccordo con @DWin qui; se c'è un errore è su CRAN e tali discussioni non vi appartengono e finiscono per essere ignorate. CRAN ha il suo indirizzo email. –

@GavinSimpson la prima regola del CRAN-club è che non devi parlare di CRAN-club. – hadley

Non v'è alcun meccanismo attraverso il quale install.packages() può installare da Bioconductor per impostazione predefinita in R ( ~~almeno non per impostazione predefinita, non ho controllato se Bioc ha l'infrastruttura di pronti contro termine per consentire, se chiamato correttamente~~ ). [Vedere il commento di Martin Morgan (in basso) in cui le istruzioni possono essere trovati su come configurare R in modo che install.packages() può installare dai repository Bioconductor.]

di installare un pacchetto Bioconductor si fa normalmente:

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("limma")

che deve essere eseguito indipendentemente da install.packages().

L'errore con controllo Mac OS X è potenzialmente un errore di configurazione su quel particolare server. Come dice @DWin, dovresti farlo con CRAN per arrivare alla radice di quel particolare problema. Per quanto ne so, CRAN dovrebbe avere tutti i pacchetti Bioconductor installati.

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2013-01-15 19:25:35

vedere '? SetRepositories' per selezionare i repository di Bioconductor con mezzi standard (e quindi con' install.packages' works) o 'install.packages (..., repos = biocinstallRepos()) 'dopo la riga' source' sopra per installare un pacchetto Bioconductor, o 'biocLite (" foo ")' per installare 'foo' da CRAN (in realtà' getOption ("repos") ') o Bioconductor. –

Si potrebbe pensare che CRAN sia in grado di recuperare e installare questi pacchetti automaticamente. Dal punto di vista dell'utente (specialmente quelli che non hanno familiarità con R), dover installare separatamente i pacchetti di bioconduttori è indiretto e confuso. Perché non c'è una soluzione per questo? – by0

In R 3.0.2, i seguenti lavori:

setRepositories(ind=1:2)

Al momento della scrittura, il valore ind può prendere un vettore con valori compresi tra 1 e 8, e il seguente significato:

1: CRAN 
2: BioC software 
3: BioC annotation 
4: BioC experiment 
5: BioC extra 
6: Omegahat 
7: R-Forge 
8: rforge.net

Questo elenco si ottiene chiamando setRepositories(graphics=F), che consente anche di scegliere in modo interattivo i repository da cui installare.

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2013-12-09 19:42:19 krlmlr

Questo non è documentato da nessuna parte, ma il trucco è che si aggiunge una riga che dice biocViews: nel file DESCRIPTION (sì, termina con due punti e quindi non è necessario elencare nulla, è possibile mantenerlo vuoto). Quindi R saprà di controllare i repository dei bioconduttori per i requisiti del pacchetto.

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2016-07-25 21:10:58

Il pacchetto CRAN dipende dal pacchetto del bioconduttore Errore di installazione

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