bioconductor

5calore

2risposta

Fattore di rilevanza per facilitare l'uso come fattore nidificato nel modello DESeq2 in R

Sto installando un GLM utilizzando il pacchetto DESeq2 e ho la situazione in cui gli individui (RatID) sono annidati all'interno del trattamento (Dieta). L'autore del pacchetto suggerisce che gli indi

r data.table bioconductor 2015-07-10

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1risposta

Come posso convertire Ensembl ID al simbolo del gene in R?

Ho un data.frame contenente ID Ensembl in una colonna; Mi piacerebbe trovare i simboli dei geni corrispondenti per i valori di quella colonna e aggiungerli a una nuova colonna nella mia cornice dati.

r dataframe bioinformatics bioconductor 2015-02-16

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5calore

1risposta

Problemi di installazione pacchetto GenomicFeatures

Mi spiace essere tornato così presto con una semplice domanda di installazione, ma la mia incapacità di risolverlo personalmente sta compromettendo seriamente la mia produttività. Ad ogni modo, ho pro

r bioconductor 2012-06-10

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1risposta

Pianificazione degli intervalli di confidenza con i valori NA

Vorrei creare un intervallo di confidenza con un dato con NA, utilizzando il pacchetto Gviz. Ho modificato l'esempio manuale per esporre il mio problema. In primo luogo, come il manuale di esporre: li

r graphics plot bioconductor confidence-interval 2015-08-02

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1risposta

Downgrade versione R e pacchetto R Bioconductor

Ciao a tutti sto eseguendo R 3.0.2 su un server debian con Bioconductor v2.13. La mia domanda è semplice anche se la ricerca attraverso Internet non mi ha fornito una risposta chiara: Come posso effet

linux r debian bioconductor downgrade 2013-10-25

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1risposta

Risoluzione di un errore "modello vuoto" nella convalida incrociata per la classificazione SVM quando si utilizza il pacchetto CMA Bioconductor per R

Sto utilizzando il pacchetto Bioconductor CMA per eseguire la convalida incrociata Monte Carlo interna (MCCV) sui classificatori SVM in un microarray set di dati. CMA utilizza internamente il pacchett

r classification svm bioconductor 2011-02-08

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3risposta

in R come ottenere messaggi di errore in inglese

Sto provando alcuni tutorial sul bioconduttore; ma ricevo messaggi di errore, che vorrei cercare/inviare; sfortunatamente, dal momento che R è installato su un sistema configurato in francese, R mi re

r bioconductor 2012-09-28

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5calore

3risposta

Mostra tutte le righe nell'output del pacchetto GenomicRange

Sto lavorando con il pacchetto GenomicRange R. Ho un file di input così: dvex108056 + 87 206 dvex108056 + 87 226 dvex108056 - 101 240 dvex108056 - 104 240 dvex108056 - 59 188 dvex108056 - 68 197

r dataframe coordinates overlapping bioconductor 2013-06-05

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3risposta

Il pacchetto CRAN dipende dal pacchetto del bioconduttore Errore di installazione

Gestisco i Depends, suggerisce e importa il file di descrizione. e infine invio il mio pacco a CRAN. Ma durante l'installazione del pacchetto, installa solo i pacchetti che sono depositati sotto CRAN

r cran bioconductor 2013-01-15

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2risposta

sottoinsiemi da campioni per un oggetto ExpressionSet

Ho un oggetto ExpressionSet con 100 campioni: > length(sampleNames(eset1)) 100 Ho anche un vettore dei nomi di 75 campioni (non i dati stessi): > length(vecOf75) 75 Come è possibile impostare so

r bioconductor 2012-02-10

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