Quando provo a eseguire il codice cython qui sotto per generare un array vuoto, esso segfaults.array vuoti in cython: segfault quando si chiama PyArray_EMPTY
C'è un modo per generare array numpy vuoti in python senza chiamare np.empty()?
cdef np.npy_intp *dims = [3]
cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] result = np.PyArray_EMPTY(1, dims,
np.NPY_INTP, 0)
Potreste aver risolto questo molto tempo fa, ma a beneficio di tutti coloro che si imbatte in questa domanda durante il tentativo di capire perché i loro segfaults codice Cython, ecco una possibile risposta.
Quando si ottiene un segfault quando si utilizza l'API C numpy, la prima cosa da verificare è che si è chiamata la funzione import_array(). Questo potrebbe essere il problema qui.
Ad esempio, ecco foo.pyx:
cimport numpy as cnp
cnp.import_array() # This must be called before using the numpy C API.
def bar():
cdef cnp.npy_intp *dims = [3]
cdef cnp.ndarray[cnp.int_t, ndim=1] result = \
cnp.PyArray_EMPTY(1, dims, cnp.NPY_INTP, 0)
return result
Ecco un semplice setup.py per la costruzione del modulo di estensione:
from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Distutils import build_ext
import numpy as np
setup(cmdclass={'build_ext': build_ext},
ext_modules=[Extension('foo', ['foo.pyx'])],
include_dirs=[np.get_include()])
Ecco il modulo in azione:
In [1]: import foo
In [2]: foo.bar()
Out[2]: array([4314271744, 4314271744, 4353385752])
In [3]: foo.bar()
Out[3]: array([0, 0, 0])
Cosa c'è di sbagliato su np.empty()? Se lo fai solo una volta nella fase di inizializzazione, non ti interessa se è leggermente più lento rispetto all'utilizzo diretto delle funzioni C. –
Se si stanno eseguendo operazioni su array di dimensioni <1000, il costo di np.empty() solo è maggiore dell'intero ciclo. vedere (http://stackoverflow.com/questions/18410342/creating-small-arrays-in-cython-takes-a-humongous-amount-of-time) dove ho descritto il problema. Sto cercando di risolverlo, ma ora ho trovato un nuovo problema: vale a dire l'uso della funzione np.PyArray_EMPTY() – staticd
Are 'np.NPY_INTP' e' np.int_t' lo stesso tipo nel tuo sistema? – Jaime