Non vedrei l'uso di questi due insieme. Con Bundles avresti caricato tutto il tuo JavaScript, idealmente in uno o due bundle, sul tuo controller di layout. In produzione sarebbe ottimizzato (combinando in un file, minimizzato, memorizzato nella cache e compresso, ecc.).
RequireJS il modo in cui ne vedo un po 'è se si è più dettagliati su quale JS è caricato e quindi si può usare la sua sintassi concisa per assicurarsi che un certo file sia caricato prima di richiamare parte del codice JavaScript di quel file.
Raccomanderei l'utilizzo di pacchetti poiché si sta lavorando con asp.net-mvc. Sono belli da usare e funzionano molto bene. Avevo usato un simile framework pre mvc4 chiamato Combres che era simile e questo approccio funziona molto bene per le app che penso. Potrebbe essere diverso per i siti di sola lettura.
Giuro ancora da Combres e lo uso su pacchetti in ogni nuovo progetto mvc che faccio. –