Ho difficoltà a tradurre il mio codice MATLAB in Python tramite Scipy & Numpy. Sono bloccato su come trovare i valori dei parametri ottimali (k0 e k1) per il mio sistema di ODE per adattarsi ai miei dieci punti di dati osservati. Al momento ho un'ipotesi iniziale per k0 e k1. In MATLAB, posso usare qualcosa chiamato 'fminsearch' che è una funzione che prende il sistema di ODE, i punti di dati osservati e i valori iniziali del sistema di ODE. Calcolerà quindi una nuova coppia di parametri k0 e k1 che si adatteranno ai dati osservati. Ho incluso il mio codice per vedere se puoi aiutarmi a implementare una sorta di 'fminsearch' per trovare i valori dei parametri ottimali k0 e k1 che si adattano ai miei dati. Voglio aggiungere qualsiasi codice per farlo al mio file lsqtest.py.Adattamento dei dati al sistema di ODE utilizzando Python tramite Scipy & Numpy
ho tre file .py - ode.py, lsq.py, e lsqtest.py
ode.py:
def f(y, t, k):
return (-k[0]*y[0],
k[0]*y[0]-k[1]*y[1],
k[1]*y[1])
lsq.py:
import pylab as py
import numpy as np
from scipy import integrate
from scipy import optimize
import ode
def lsq(teta,y0,data):
#INPUT teta, the unknowns k0,k1
# data, observed
# y0 initial values needed by the ODE
#OUTPUT lsq value
t = np.linspace(0,9,10)
y_obs = data #data points
k = [0,0]
k[0] = teta[0]
k[1] = teta[1]
#call the ODE solver to get the states:
r = integrate.odeint(ode.f,y0,t,args=(k,))
#the ODE system in ode.py
#at each row (time point), y_cal has
#the values of the components [A,B,C]
y_cal = r[:,1] #separate the measured B
#compute the expression to be minimized:
return sum((y_obs-y_cal)**2)
lsqtest .py:
import pylab as py
import numpy as np
from scipy import integrate
from scipy import optimize
import lsq
if __name__ == '__main__':
teta = [0.2,0.3] #guess for parameter values k0 and k1
y0 = [1,0,0] #initial conditions for system
y = [0.000,0.416,0.489,0.595,0.506,0.493,0.458,0.394,0.335,0.309] #observed data points
data = y
resid = lsq.lsq(teta,y0,data)
print resid
È questo quello che stai cercando? [scipy fmin] (http://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.optimize.fmin.html) – Dhara
Come in una nota non correlata, non si _need_ utilizzare la funzione one style matlab- con lo stesso nome dei file in python. – tacaswell