In python, come posso modificare la dimensione del font dei nodi foglia quando si generano alberi filogenetici usando Bio.Phylo.draw()?

Question

Sto utilizzando il pacchetto Phylo di Biopython per creare alberi filogenetici.

Per alberi grandi, ho bisogno di diminuire il carattere dei nodi foglia. È stato suggerito di cambiare matplotlib.pyplot.rcParams ['font.size'] ma questo mi permette solo di cambiare nomi e titoli degli assi, dato che Phylo definisce le proprie dimensioni dei caratteri. Non riesco a cambiare il codice sorgente Phylo mentre lo sto usando all'Università. La definizione di figure o assi non è un'opzione in quanto Phylo.draw() ne crea uno proprio.

Qualcuno ha qualche suggerimento su come risolvere il problema, magari allungando l'asse y?

Finora ho usato il seguente codice per produrre l'albero:

import matplotlib 
import matplotlib.pyplot as plt 
from Bio import Phylo 
from cStringIO import StringIO 

def plot_tree(treedata, output_file): 

    handle = StringIO(treedata) # parse the newick string 
    tree = Phylo.read(handle, "newick") 
    matplotlib.rc('font', size=6) 
    Phylo.draw(tree) 
    plt.savefig(output_file) 

    return 

Answer 1

Phylo.draw() può prendere come argomento gli assi. Dalla documentazione del metodo Biopython è possibile leggere le seguenti

assi: matplotlib/pylab assi Se un'istanza matplotlib.axes.Axes valida, il phylogram è tracciata in quel Assi. Per impostazione predefinita (Nessuno), viene creata una nuova figura.

Ciò significa che è possibile caricare i propri assi con le dimensioni desiderate. Per esempio

import matplotlib 
import matplotlib.pyplot as plt 
from Bio import Phylo 
from cStringIO import StringIO 

def plot_tree(treedata, output_file): 
    handle = StringIO(treedata) # parse the newick string 
    tree = Phylo.read(handle, "newick") 
    matplotlib.rc('font', size=6) 
    # set the size of the figure 
    fig = plt.figure(figsize=(10, 20), dpi=100) 
    # alternatively 
    # fig.set_size_inches(10, 20) 
    axes = fig.add_subplot(1, 1, 1) 
    Phylo.draw(tree, axes=axes) 
    plt.savefig(output_file, dpi=100) 

    return 

Fammi sapere se questo funziona per voi. Fábio