biopython

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Installazione di biopython - python 3.3 non trovata nel registro

Sto cercando di installare biopython per l'esecuzione con Python 3.3 su un computer Windows7. Ho scaricato l'eseguibile biopython biopython-1.61.win32-py3.3-beta.exe. Quando tento di eseguire l'esegui

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Traceback nell'algoritmo Smith-Wateman con penalità del gap affine

Sto cercando di implementare l'algoritmo Smith-Waterman per l'allineamento della sequenza locale utilizzando la funzione di penalità del gap affine. Penso di capire come avviare e calcolare le matrici

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Sto utilizzando il pacchetto Phylo di Biopython per creare alberi filogenetici. Per alberi grandi, ho bisogno di diminuire il carattere dei nodi foglia. È stato suggerito di cambiare matplotlib.pyplot

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Cercando di parallelizzare un algoritmo di pitone con multithreading e evitare restrizioni GIL

sto implementando un algoritmo in Python utilizzando Biopython. Ho diversi allineamenti (serie di sequenze di uguale lunghezza) memorizzati nei file FASTA. Ogni allineamento contiene tra 500 e 30000 s

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2risposta

Come trovare una cornice di lettura aperta in Python

Sto usando Python e un'espressione regolare per trovare uno ORF (frame di lettura aperto). Trova un sub-string una stringa che è composto solo da lettere ATGC (senza spazi o nuove linee) che: Inizia c

5calore

4risposta

Come chiamare il modulo scritto con argparse nel notebook iPython

Sto provando a passare sequenze BioPython a Ilya Stepanov's implementation of Ukkonen's suffix tree algorithm nell'ambiente del notebook iPython. Sto inciampando sulla componente argparse. Non ho mai