hdf5/h5py ImportError: libhdf5.so.7

Question

Sto lavorando a un progetto che coinvolge code di messaggistica di rete (msgpack, zmq, ...) su un sistema RHEL 6.3 (x86_64). Stavo installando i pacchetti più recenti di glib, gevent, pygobject, pygtk e così via per far funzionare pylab/matplotlib (che non ha avuto successo neanche).

Dopo aver rinunciato sono tornato al mio codice e in qualche modo ero riuscito a distruggere la mia installazione hdf5/h5py - h5py non riesce a trovare libhdf5.so.7 durante l'importazione. Ho subito reinstallato hdf5-1.8.9 in/usr/local/HDF5 su RHEL 6.3 (x86_64) come segue:

./configure --prefix=/usr/local/hdf5 
make 
make check 
sudo make install 
make check install 

che sembrava funzionare bene. Poi sono andato a reinstallare h5py (in python 2.7.3):

python2.7 setup.py build --hdf5=/usr/local/hdf5/ 
python2.7 setup.py test # optional 
# sudo python2.7 setup.py install 

che non riesce a importare il file _errors nelle prove, in questo modo:

====================================================================== 
ERROR: _hl.tests.test_attrs_data (unittest.loader.ModuleImportFailure) 
---------------------------------------------------------------------- 
ImportError: Failed to import test module: _hl.tests.test_attrs_data 
Traceback (most recent call last): 
    File "/usr/local/lib/python2.7/unittest/loader.py", line 252, in _find_tests 
    module = self._get_module_from_name(name) 
    File "/usr/local/lib/python2.7/unittest/loader.py", line 230, in _get_module_from_name 
    __import__(name) 
    File "/home/cronburg/Downloads/h5py-2.0.1/build/lib.linux-x86_64-2.7/h5py/_hl/tests/test_attrs_data.py", line 5, in <module> 
    import h5py 
    File "/home/cronburg/Downloads/h5py-2.0.1/build/lib.linux-x86_64-2.7/h5py/__init__.py", line 1, in <module> 
    from h5py import _errors 
ImportError: libhdf5.so.7: cannot open shared object file: No such file or directory 


---------------------------------------------------------------------- 
Ran 12 tests in 0.001s 

FAILED (errors=12) 

h5py stava lavorando bene prima di andare a installa i pacchetti/tarball di cui sopra, e non ricordo di aver toccato nulla che fosse anche lontanamente simile a hdf5. Qualche idea?

EDIT: Cercando di individuare il file mostra solo nella posizione i sterrata che:

cronburg@rhel:~/Downloads/h5py-2.0.1$ locate libhdf5.so.7 
/home/cronburg/tmp/hdf5-1.8.9/hdf5/lib/libhdf5.so.7 
/home/cronburg/tmp/hdf5-1.8.9/hdf5/lib/libhdf5.so.7.0.3 
/home/cronburg/tmp/hdf5-1.8.9/src/.libs/libhdf5.so.7 
/home/cronburg/tmp/hdf5-1.8.9/src/.libs/libhdf5.so.7.0.3 

Answer 1

un'occhiata su: http://rpm.pbone.net/index.php3/stat/3/srodzaj/1/search/libhdf5.so.7()(64bit)

o dovrebbe provare questo repo: https://ius.io/Packages/

Preferisco sempre usare la versione python più aggiornata, in un formato di pacchetto.

https://dl.iuscommunity.org/pub/ius/stable/Redhat/6/x86_64/repoview/python27.html

sudo yum install -y https://centos6.iuscommunity.org/ius-release.rpm 
sudo yum install -y python27 
sudo yum install -y python27-devel 

fare un pip install ed essere felici:

$ sudo pip install h5py 
Installing collected packages: h5py 
Successfully installed h5py-2.6.0 

Answer 2

Anche questo è accaduto a me quando si utilizza h5py su un raspbian pulita. È necessario installare prima le librerie di sistema.

apt install libhdf5-dev 

poi

pip install h5py