fastq

9calore

2risposta

Come utilizzo la programmazione parallela/multi-threading nel mio script bash?

Questo è il mio script: #!/bin/bash #script to loop through directories to merge fastq files sourcedir=/path/to/source destdir=/path/to/dest for f in $sourcedir/* do fbase=$(basename "$f")

multithreading bash parallel-processing fastq 2013-08-22

---

7calore

4risposta

Come posso rendere il mio script Python più veloce?

Sono abbastanza nuovo in Python e ho scritto uno script (probabilmente molto brutto) che dovrebbe selezionare casualmente un sottoinsieme di sequenze da un file fastq. Un file fastq memorizza informaz

python performance bioinformatics fastq 2014-12-04

---

15calore

12risposta

Conversione FASTQ per FASTA con SED/AWK

Ho un dati in che arriva sempre in blocco di quattro nel seguente formato (chiamato FASTQ): @SRR018006.2016 GA2:6:1:20:650 length=36 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGN +SRR018006.2016 GA2:6:1:20:6

shell awk sed fastq 2009-10-09

---