bioinformatics

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Come memorizzare nella cache le letture?

Sto usando python/pysam per analizzare i dati di sequenziamento. Nel suo tutorial (pysam - An interface for reading and writing SAM files) per il comando compagno dice: 'Questo metodo è troppo lento p

python caching bioinformatics samtools pysam 2015-12-16

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Come chiamare il modulo scritto con argparse nel notebook iPython

Sto provando a passare sequenze BioPython a Ilya Stepanov's implementation of Ukkonen's suffix tree algorithm nell'ambiente del notebook iPython. Sto inciampando sulla componente argparse. Non ho mai

python ipython bioinformatics biopython suffix-tree 2015-06-05

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2risposta

Come tracciare le posizioni lungo un grafico cromosomico

Vorrei generare una trama che rappresenti 14 cromosomi lineari per l'organismo su cui lavoro, in scala, con barre colorate in posizioni specifiche lungo ciascun cromosoma. Idealmente mi piacerebbe usa

r plot bioinformatics genetics 2015-11-16

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Ricerca di motivi con campionatore Gibbs

Sono un principiante sia in programmazione che in bioinformatica. Quindi, apprezzerei la tua comprensione. Ho provato a sviluppare uno script python per la ricerca di motivi usando il campionamento di

python algorithm bioinformatics 2016-02-27

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Come ottimizzare uno script python che viene eseguito per 4 ** volte k?

Linguaggio di programmazione: Python 3.4 Ho scritto un programma per il corso Bioinformatica 1 da Coursera. Il programma funziona correttamente, ma è molto lento per per dataset di grandi dimensioni.

python python-3.x bioinformatics 2015-06-27

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Alternative per loop per R?

Ho ottenuto 2 file che mi piacerebbe combinare utilizzando R. head(bed) chr8 41513235 41513282 ANK1.Exon1 chr8 41518973 41519092 ANK1.Exon2 Il primo sta dando gli intervalli ei loro nomi. (Cromoso

r code-coverage bioinformatics 2015-05-19

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Combina una funzione e ciclo for

ho dati per diversi tessuti in questo modo tissueA tissueB tissueC gene1 4.5 6.2 5.8 gene2 3.2 4.7 6.6 E voglio calcolare una statistica riassuntiva che è x = Σ [1-log2(i,j)/log2(i,max)]/n-1 dov

r plyr apply bioinformatics 2015-05-22

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Contare i nucleotidi del DNA usando perl 6

Buon pomeriggio, sto cercando di contare il numero di volte che le lettere A C T G si verificano nella sequenza del DNA usando perl6.i ho provato altri modi sono solo cercando di farlo in un altro mod

bioinformatics perl6 2016-05-04

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Esecuzione di operazioni su un grande set di dati

Devo eseguire alcune analisi su un record PSL che contiene informazioni sui frammenti di sequenza del DNA. Fondamentalmente devo trovare le voci che sono della stessa lettura nello stesso contig (ques

python python-3.x bioinformatics 2015-05-26

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scikit-bio estrae le caratteristiche genomiche dal file gff3

E 'possibile in scikit-bio estrarre le caratteristiche genomiche memorizzate in un file in formato gff3 da un file genoma fasta? Esempio: genome.fasta >sequence1 ATGGAGAGAGAGAGAGAGAGGGGGCAGCATACGCATC

python python-3.x bioinformatics skbio 2016-07-11

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