bioinformatics

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Traceback nell'algoritmo Smith-Wateman con penalità del gap affine

Sto cercando di implementare l'algoritmo Smith-Waterman per l'allineamento della sequenza locale utilizzando la funzione di penalità del gap affine. Penso di capire come avviare e calcolare le matrici

python bioinformatics biopython sequence-alignment 2013-08-07

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Traceback nell'implementazione della programmazione dinamica dell'algoritmo di Needleman-Wunsch

Ho quasi fatto funzionare la mia implementazione di needleman-wunsch ma sono confuso su come gestire il traceback in un caso specifico. L'idea è che per ricostruire la sequenza (il percorso più lungo)

python algorithm dynamic-programming bioinformatics 2013-11-26

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Pandas Converti 'NA' in NaN

Ho appena preso in mano i Panda per eseguire alcuni lavori di analisi dei dati nella mia ricerca di biologia. Risulta che una delle proteine ​​che sto analizzando si chiama 'NA'. Ho una matrice con co

python pandas bioinformatics 2013-05-16

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Generatori ricorsivi in ​​Python

Ho scritto una funzione per restituire un generatore contenente ogni combinazione univoca di sottostringhe di una determinata lunghezza che contengono più di n elementi da una stringa primaria. A tito

python recursion generator bioinformatics 2012-04-22

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Splicing attraverso una linea di un file di testo usando python

Sto provando a creare le firme genetiche. Ho un file di testo pieno di sequenze di DNA. Voglio leggere in ogni riga dal file di testo. Quindi aggiungi 4mers che sono 4 basi in un dizionario. Per esemp

python bioinformatics 2013-04-05

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Profilo SVM (e1071) in R

Sono nuovo di R e SVM e sto provando a profilare la funzione svm dal pacchetto e1071. Tuttavia, non riesco a trovare alcun set di dati di grandi dimensioni che mi permetta di ottenere una buona gamma

r statistics machine-learning bioinformatics svm 2012-06-13

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Rilevanza vettoriale macchina

Sto cercando un'implementazione di discesa di macchine vettoriali di rilevanza. Qualcuno può consigliare una libreria Python o un'implementazione C++ che potrei interfacciare? Grazie cumuli di anticip

python machine-learning computer-vision bioinformatics 2013-06-12

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dove posso scaricare i dati di espressione genica?

Volevo scaricare i dati di espressione genica derivati ​​da esperimenti di microarray. Non ne so molto di questo argomento, ma come ho capito, le righe spesso corrispondono a geni e colonne corrispond

download bioinformatics genome 2012-03-23

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Lista delle popolazioni con tuple

Sto solo armeggiando con una simulazione di (Mendel's First Law of Inheritance). Prima di poter permettere ai critters di accoppiarsi e analizzare il risultato, la popolazione deve essere generata, ci

python bioinformatics rosalind 2013-06-14

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Come rimuovere righe con valori 0 usando R

Ciao sto usando una matrice di espressione genica, conteggi di frammenti per calcolare geni espressi differenzialmente. Vorrei sapere come rimuovere le righe che hanno valori pari a 0. Quindi il mio s

r bioinformatics 2013-08-05

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